Il paese di Bagnaia è una piccola frazione del Comune di Perugina, che si trova nella piana a sud-ovest del Comune, da cui dista circa 11 km.
In epoca medievale questo territorio apparteneva al contado di Porta Santa Susanna e Porta Eburnea.
Nella trasformazione del Comune nel 1262, nel contado di Porta Santa Susanna è elencata la villa “Campanis Bagnarie”.
Agli inizi del 1300 Bagnaia era qualificata ancora come villa. Dalla fine del XIV secolo, Bagnaia è indicata come “castrum”, cioè castello, e nello Statuto del Comune il suo castello è designato come sede del vicario inviato dalla città di Perugia ad amministrare il castello.
L’assenza di documenti che attestano una qualche richiesta, così diffuse per gli altri centri, di aiuti o sgravi fiscali per la costruzione della fortezza da parte delle autorità comunali di Perugia, fa supporre che il castello sia stato edificato tutto con le risorse della sola comunità. Da quanto è rimasto oggi delle mura, si può far risalire la sua costruzione al XIII secolo, epoca in cui sorsero la maggior parte dei castelli del contado perugino.
Nel distretto del castello si estendeva una ricca properietà dell’Abbazia di San Pietro di Perugia.
Nel 1365 Bagnaia fu teatro della battaglia tra perugini ed inglesi. Il capitano di ventura Anichino Mongardo fissò il campo di battaglia proprio a Bagnaia ed i perugini, udita la notizia dell’arrivo del condottiero in loro aiuto, uscirono dalla città ed andarono anch’essi a combattere contro gli inglesi, i quali si ritrovarono accerchiati: da una parte avevano le truppe di Anichino, dall’altra i perugini.
Gli inglesi furono sconfitti e fatti prigionieri dentro il castello di San Mariano.
In ricordo e in ringraziamento della vittoria sugli inglesi a Bagnaia venne edificata una chiesa intitolata a San Niccolò.
Nel 1416 il castello di Bagnaia fu assediato da Braccio Fortebraccio da Montone.
Dal XVI secolo, cessata la funzione di borgo fortificato a fini di difesa, il castello mutò la sua fisionomia: si aprirono porte e finestre nelle mura e nel 1578 il Comune di Perugia concesse ad un certo Girolamo di Marco Aurelio Cantagallina, una torre del castello per utilizzarla come colombaia.